Na podstawie istniejących i spodziewanych zagrożeń można wyszczególnić kilka głównych celów ochrony lasu. Podstawowym jest zapewnienie ochrony wszystkim lasom. W szczególności istotne są poszczególne elementy ekosystemu leśnego. Ochronie podlegają całe drzewostany, występująca materia organiczna oraz składniki biocenoz takie jak rzadkie gatunki. Istotą prawidłowo funkcjonującej ochrony jest godzenie gospodarczego rozwoju kraju oraz wykorzystywanie zasobów leśnych z ochroną przyrody. Badanie szkodotwórczych czynników biotycznych, abiotycznych oraz antropogenicznych prowadzi do poprawy zdrowotności ekosystemów leśnych poprzez zwiększanie biologicznej odporności drzewostanów. Intensywność użytkowania zasobów leśnych musi być regulowana w taki sposób, aby czynności te nie mogły zagrozić trwałości lasów oraz nie miały negatywnych dla nich skutków.

Lasy Nadleśnictwa Karnieszewice położone są na terenie polodowcowym. Kilkukrotna działalność lądolodów spowodowały zróżnicowanie w ukształtowaniu powierzchni, to natomiast sprzyja różnorodności lasów. Różnorodne siedliska cechują się natomiast wysoką odpornością na niekorzystne czynniki. Zadaniem leśników jest utrzymanie tej odporności i ciągłe jej polepszanie.  Osiągnięcie tego celu jest możliwe dzięki działaniom profilaktycznym, czyli takim, które mają zapobiec zagrożeniom. Zaczynając od prawidłowego projektowania składu gatunkowego drzewostanu oraz jego struktury przestrzennej zgodnej z siedliskiem, co stanowi podstawę zdrowego drzewostanu, a kończąc na działaniach wspierających „sprzymierzeńców”, czyli gatunki pożyteczne w walce z owadami szkodliwymi. W lasach wprowadza się nieprodukcyjne domieszki drzew i krzewów, które stanowią bazę pokarmową dla np. ptaków. Dodatkowo wywieszane są budki lęgowe dla ptaków oraz schrony dla nietoperzy, których w naszym Nadleśnictwie jest około 800 .

Niezbędnym aspektem zadań z zakresu ochrony lasu jest dbałość o higienę lasu. Pojawiąjący się posusz jest sygnałem, że istnieje duże ryzyko pojawienia się ognisk występowania szkodliwych owadów. Z tego powodu jest on systematycznie usuwany. W ostatnich latach ilość pozyskiwanego w ten sposób drewna rośnie z powodu gradacji kornika drukarza (Ips typographus).

Pomimo starań i prowadzonych zabiegów zdarzają się tzw. gradacje szkodników, czyli ich masowe pojawy. Co roku przeprowadza się w ramach jesiennych poszukiwań szkodników pierwotnych sosny kontrolę ilości gatunków owadów zagrażających drzewostanom. Ten coroczny monitoring i zaobserwowane zmiany pozwalają przewidzieć zbliżające się zagrożenia i wprowadzić odpowiednie działania.

Również rosnąca liczebność zwierzyny stanowi pewne zagrożenie. Prowadzona gospodarka leśna wiąże się często z koniecznością sztucznego odnawiania lasu, aby przyspieszyć naturalne procesy i możliwie jak najszybciej przywrócić roślinność drzewiastą na danym terenie.  Założone uprawy są atrakcyjnym miejscem żerowania dla zwierzyny płowej. Posila się ona bardzo chętnie pędami młodych drzew. Takie uszkodzenia często prowadzą do deformacji młodych drzew, spowalniają ich wzrost  lub kończą się nawet obumarciem rośliny. Aby temu zapobiec stosuje się zabiegi ochronne. Jednym z nich są grodzenia wykonane z siatki leśnej, która uniemożliwia dostanie się zwierzynie do młodych drzew, innym zabezpieczanie sadzonek na okres zimowy repelentami, które zniechęcają zwierzynę do ich spożywania. Przy tych działaniach istotne jest równoczesne zapewnienie innej bazy żerowej dla leśnych stworzeń. Możliwe jest to między innymi dzięki wprowadzaniu innych gatunków drzew bardziej atrakcyjnych dla zwierząt czy wykładaniu drzew zgryzowych podczas srogich zim. Prowadzona jest również współpraca z lokalnymi Kołami Łowieckimi, które zajmują się racjonalnym dokarmianiem zwierzyny w okresie niekorzystnych warunków oraz uprawą poletek łowieckich, na których zwierzęta mogą znaleźć pożywienie.

Istotnym zagrożeniem dla lasu jest ogień. Najczęstszymi przyczynami pożarów w lesie są: nieostrożne obchodzenie się z ogniem, palenie ognisk w miejscach do tego niewyznaczonych, wypalanie traw w sąsiedztwie lasu, lecz również zdarzają się celowe podpalenia. Na stopień zagrożenia pożarowego ma wpływ kilka czynników między innymi warunki klimatyczne, skład gatunkowy drzewostanów oraz liczba pożarów występująca na danym obszarze. Nadleśnictwo Karnieszewice zaliczone zostało do II kategorii zagrożenia pożarowego. Funkcjonuje tutaj system ochrony przeciwpożarowej w okresach największego zagrożenia, czyli od 15 marca do 15 października. W leśnictwach Niemica oraz Chełmoniewo znajdują się dostrzegalnie przeciwpożarowe. Na ich szczytach zamontowane są kamery, z których obraz jest monitorowany przez pracownika w siedzibie Nadleśnictwa. Nasze Nadleśnictwo jest również wyposażone w samochód patrolowo-gaśniczy. Przy najważniejszych szlakach komunikacyjnych oraz parkingach, gdzie ryzyko zainicjowania pożaru się zwiększa utrzymywane są pasy przeciwpożarowe – są to pozbawione roślinności pasy gleby, które spowalniają rozprzestrzenianie się ewentualnego ognia.